办理企业近三年无发生重大生产安全事故的证明文件流程：应由企业向应急管理部门递交相关公函，并提交企业近三年（继存期内）的营业执照复印件、安全生产工作总结，应急管理部门在收到公函和相关材料后，经核查相关资料出具相关文件。
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